^ Back to Top
facebook

Bioinformatyka

Bioinformatyka jest prężnie rozwijającą się w ostatnich latach dyscypliną nauki. Polega ona na wykorzystaniu komputerów i oprogramowania do badań biologii molekularnej i biochemii.

Koło Naukowe BIO-MED we współpracy z dr hab. Rajmundem Kaźmierkiewiczem z Pracowni Symulacji Układów Biomolekularnych realizuje projekt mający na celu opisanie zachowania bradykininy i jej analogów w błonie fosfolipidowej oraz sprawdzenie ich oddziaływania z receptorem. Do tego celu stosujemy takie narzędzia, jak Pole Sił Amber, minimalizacja energii cząsteczki czy dynamika molekularna.

Biotechnologia roślin

Zajmujemy się zgłębianiem wiedzy na temat metabolitów wtórnych roślin i ich właściwości antybakteryjnych. Czynimy to poprzez merytoryczną analizę publikacji naukowych, jak również, dzięki uprzejmości opiekunki projektu, badań doświadczalnych w laboratorium.

Naszym celem badawczym są owoce oraz pędy, niektórych roślin o zastosowaniu kulinarnym z rodzajów:

  • Oxycoccus (Żurawina)
  • Vaccinium (Borówka)
  • Lonicera (Wiciokrzew)
  • Aronia (Aronia)

Wykonujemy ekstrakty z tkanek roślinnych i badamy ich właściwości bakteriostatyczne i bakteriobójcze przeciwko wybranym rodzajom patogenów ludzi (Staphylococcus, Pseudomonas, Enterococcus, Kliebsiella) i roślin (Pectobacterium, Pseudomonas, Dickeya). Ponadto, ekstrakty o interesujących właściwościach poddajemy jakościowej analizie chemicznej przy pomocy technik chromatograficznych.

Poszukiwanie roślinnych źródeł związków o właściwościach antybakteryjnych, może przybliżyć nas do znalezienia nowych, skutecznych metod leczenia chorób bakteryjnych, co staje się istotne w dobie zwiększającej się liczby chorobotwórczych szczepów, opornych na znane nam antybiotyki.

Projekt kryminalistyczny

W 2011 z inicjatywy studentów Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego zrzeszonych w Kole Naukowym BIO-MED narodził się kryminalistyczny projekt badawczy „In Flagranti”, którego celem jest rozwijanie naukowych pasji i popularyzacja wiedzy z zakresu technik medycyny sądowej. Naukowi zapaleńcy prowadzą swoje badania pod czułym okiem dr inż. Wojciecha Śledzia. Pierwszym projektem było poznanie od strony praktycznej, jak określić cechy fenotypowe na podstawie próbki materiału genetycznego. W tym celu, przy użyciu markera amelogeniny można było określić płeć właściciela DNA.  Aktualnym epicentrum projektu jest badanie pokrewieństwa między osobami o tym samym nazwisku. Ponadto, członkowie Projektu Kryminalistycznego „In Flagranti” współorganizują Festiwale Nauki, przeprowadzając tzw. ‘Grę kryminalistyczną’. Studentów oraz osoby zainteresowane, które chciałyby zaangażować sie w realizację projektu serdecznie zapraszamy do współpracy. Chętnie skorzystamy także z Waszych sugestii i pomysłów.

 

Wpływ lncRNA HOTAIR na PRC2-zależną metylację chromatyny w raku prostaty


Agata Łuczak

Daniel Jachimowicz

Mikołaj Kocikowski


Projekt przygotowany przez zespół w składzie: Agata Łuczak, Daniel Jachimowicz i Mikołaj Kocikowski został nagrodzony grantem ministerialnym w wysokości 177.980zł w konkursie Generacja Przyszłości, a wyniki swoich badań studenci zaprezentują podczas konkursu Undergraduate Student Caucus and Poster Competition 2014 w USA, który jest częścią prestiżowej konferencji American Association for Cancer Research Annual Meeting. 

Niniejszy projekt, to kompleks badań dotyczących diagnostyki raka prostaty - jednego z najpowszechniej występujących nowotworów. Choroba ta jest obecnie jedną z najczęstszych przyczyn śmierci mężczyzn, a wczesna diagnostyka gwarantuje skuteczność terapii. Wymaga ona jednak poznania mechanizmów leżących u podstaw rozwoju choroby. 

Cząsteczki RNA - kwasy rybonukleinowe, to - podobnie jak DNA - jeden z nośników informacji wykorzystywanych przez komórki organizmów żywych. Długie niekodujące cząsteczki RNA (lncRNA) których analiza jest celem projektu, do niedawna były zaliczane do tzw. "śmieciowego materiału genetycznego", czyli niefunkcjonalnych pozostałości ewolucyjnych. Jednak obecnie przyciągają one coraz większą uwagę badaczy, a liczba pojawiających się publikacji na ich temat rośnie wykładniczo.

Dlaczego tak się dzieje? Okazuje się, że lncRNA mogą pełnić szereg ról pomocniczych i regulatorowych, a ich działanie choć pozornie subtelne, okazuje się decydujące dla procesów leżących u podstaw homeostazy komórkowej. Wykazano, że lncRNA są powszechnie obecne w ludzkich komórkach, a także pełnią kluczową rolę w utrzymywaniu zdolności embrionalnych komórek macierzystych do różnicowania się w inne typy komórek. Według najnowszych doniesień mogą one również odgrywać istotną rolę w procesie powstawania przerzutów nowotworowych. 

Celem badawczym jest lncRNA o nazwie HOTAIR, który poprzez oddziaływanie z odpowiednimi białkami reguluje metylację fragmentów chromatyny, a więc aktywność położonych w tym rejonie genów. Niektóre z nich uczestniczą w procesie nowotworzenia. Realizacja niniejszych badań powinna wyjaśnić rolę lncRNA HOTAIR w raku prostaty. 

Projekt jest realizowany pod nadzorem Dr Anny Żaczek z Zakładu Biologii Komórki MWB. 

 

Projekt roślinny


Daniel Janhimowicz

Alena Giwojna

Tomasz Szablewski


 

Bryophyllum daigremontianum to roślina sukulentowa z rodziny gruboszowatych pochodząca z tropikalnych rejonów Madagaskaru. W medycynie tradycyjnej używa się roślin z rodzaju Bryophyllum (Kalanchoe) do leczenia dolegliwości takich jak reumatyzm, choroby infekcyjne czy różnego rodzaju zapalenia. Wykazano, że Bryophyllum ma właściwości przyspieszające proces gojenia się ran oraz potencjał immunosupresyjny. Bufadienolidy, alkaloidy oraz flawonoidy są głównymi metabolitami wtórnymi obecnymi w roślinach z tego rodzaju. Na szczególną uwagę zasługują bufadielolidy – związki steroidowe o szerokim zakresie aktywności biologicznej. Wcześniejsze badania dowiodły, że różne naturalnie występujące bufadienolidy mają działanie uspokajające, wywołują dodatni efekt izotropowy (wzmocnienie siły skurczu mięśnia sercowego), wywierają wpływ na centralny układ nerwowy a także, że posiadają potencjał antymikrobiotyczny oraz cytotoksyczny. To właśnie aktywności cytotoksyczna jest kluczowym elementem każdego chemoterapeutyku. Poszukiwanie nowych substancji chemicznych, mających zdolność powstrzymania choroby nowotworowej, jest ważną gałęzią rozwoju badań współczesnej medycyny, a rośliny okazują się być tu jednym z najlepszych źródeł tych substancji. Wykazano już, że ekstrakty z liści roślin B. pinnata oraz B. daigremoniata x B. tubiflorum posiadają wysoką zawartość bufadienolidów: bryophyllin A, bersaldegenin-1,3,5-ortooctan, daigremontianin, bersaldegenin-1-etylu oraz bersaldegenin-3-octanu. Wykazano także działanie  antymikrobiotyczne oraz cytotoksyczne dla tych związków.

Badania przeprowadzone w ramach projektu miały na celu sprawdzenie wpływu jaki wywiera ekstrakt z liści B. daigremontianu na komórki nowotworowe. Ekstrakt z liści B. daigremontianum zdaje się posiadać ogólne właściwości cytotoksyczne w stosunku do komórek epitelialnych piersi. Obie badane linie komórkowe wykazały obniżoną przeżywalność. W przypadku linii HB2 zaobserwować można było niejako efekt wysycenia komórek ekstraktem w taki sposób, że wzrastające stężenie ekstraktu nie powodowało dalszego obniżania żywotności komórek. Jest to ciekawe zjawisko biologiczne.  Podwyższoną przeżywalność linii MDA-MB-231 tłumaczyć można posiadaniem przez te wysoce inwazyjną linię komórkową cech genetycznych obniżających wrażliwość komórek na ekstrakt. Analiza migracji pozwala stwierdzić, ze linia MDA-MB-231  nie zmieniła tępa zarastania rany pod wpływem ekstraktu.  W przypadku linii HB2 zaobserwowano znaczne spowolnienie migracji.  Różnice te także można wyjaśnić  na poziomie genetycznym. Lina HB2 nie będąca linią nowotworową jest znacznie wrażliwsza na czynniki zewnętrzne a ekstrakt z B. daigremontianum jako taki czynnikogranicza  proliferację i migrację komórek.

Kalendarz

grudzień 2017
Pn Wt Śr Cz Pt So N
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31